Badan Eksekutif Mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta disingkat BEM Universitas AMIKOM Yogyakarta adalah organisasi mahasiswa pelaksana amanat Mubes yang memiliki kekuasaan eksekutif tertinggi dalam LM Universitas AMIKOM Yogyakarta dan berkedudukan dibawah SEMA serta memiliki koordinasi dengan HIMA dan UKM. BEM Universitas AMIKOM Yogyakarta membawahi dan membimbing Badan Semi Otonomi (BSO) dalam garis instruksi untuk dapat berdiri menjadi UKM resmi didalam LM Universitas AMIKOM Yogyakarta. BADAN EKSEKUTIF MAHASISWA Universitas AMIKOM Yogyakarta yang selanjutnya di sebut BEM yang menjadi tonggak eksekusi dalam menampung aspirasi mahasiswa yang solutif untuk berkembangnya Universitas AMIKOM Yogyakarta dan Indonesia. Lahir pada Mubes ke V tahun 1999 dengan mengalami fluktuasi kepengurusan dan keorganisasian dalam masa silam tetapi, sekarang sudah mengalami transormasi hal ini di buktikan dengan beberapa gerakan BEM Universitas AMIKOM Yogyakarta diantaranya Mengadakan Kajian Isu Kampus dan Nasional, Mengadakan Sekolah Mahasiswa Berkarakter yang disebut Fighter School, Seminar Nasional, mempunyai Desa Binaan IT, aktif bergerak dalam aliansi BEM seluruh Indonesia dan lain-lain.