1. HIMPUNAN MAHASISWA INFORMATIKA (HMIF)
HMIF Universitas AMIKOM Yogyakarta adalah Himpunan Mahasiswa Program Studi Informatika Universitas AMIKOM Yogyakarta. HMIF Universitas AMIKOM adalah organisasi kemahasiswaan di dalam struktur kelembagaan Universitas AMIKOM Yogyakarta di bawah pembinaan Program Studi Informatika dan di bawah koordinasi Wakil Ketua III Universitas AMIKOM Yogyakarta. HMIF Universitas AMIKOM berfungsi sebagai penyalur aspirasi, informasi, pemberdaya dan pemersatu mahasiswa Program Studi Informatika Universitas AMIKOM Yogyakarta
2. HIMPUNAN MAHASISWA SISTEM INFORMASI (HIMASI)
Himpunan Mahasiswa Program Studi Sistem Informasi atau disingkat dengan HIMASI didirikan pada tahun 2022 tepatnya pada tanggal 24 Agustus 2022, yang merupakan hasil pemisahan dari HIMMSI (Himpunan Mahasiswa Program Studi Manajemen Informatika dan Sistem Informasi) dan pada Agustus 2022 berdiri sendiri menjadi HIMASI (Himpunan Mahasiswa Program Studi Sistem Informasi). Dengan berdirinya HIMASI sebagai organisasi diharapkan dapat membantu prodi dalam menjalankan segala rencana dan program kerja prodi Sistem Informasi yang memfokuskan kegiatannya pada pembinaan pribadi, pembentukkan karakter dan pelayanan pada mahasiswa Program Studi Sistem Informasi. HIMASI merupakan Himpunan Mahasiswa Program Studi (HMPS) di lingkungan Universitas Amikom Yogyakarta yang beranggotakan seluruh mahasiswa Program Studi Sistem Informasi.
3. HIMPUNAN MAHASISWA MANAJEMEN INFORMATIKA (HIMMI)
Himpunan Mahasiswa Program Studi Manajemen Informatika Universitas Amikom Yogyakarta. HIMMI Universitas Amikom Yogyakarta merupakan hasil pemisahan dari Himpunan Mahasiswa Program Studi Manajemen Informatika Dan Sistem Informasi yang sebelumnya di kenal sebagai HIMMSI dan berganti nama menjadi HIMMI pada tanggal 21 Agustus 2022. HIMMI berfungsi sebagai penampung dan penyalur aspirasi dan pemberdaya serta pemersatu Mahasiswa Program Studi Manajemen Informatika.
4. AMIKOM COMPUTER CLUB (AMCC)
AMIKOM COMPUTER CLUB atau AMCC Merupakan unit kegiatan mahasiswa di bidang keilmuan, terbentuk pada tanggal 6 mei 1996. Pada awalnya merupakan sebuah komunitas dari mahasiswa AMIKOM yang mempunyai hobi yang sama di bidang komputer dan tempat rekan-rekan mahasiswa untuk saling mencari ilmu dan mencari sebuah solusi jika mendapat permasalahan dibidang komputer.
5. KOMUNITAS MULTIMEDIA AMIKOM (KOMA)
KOMA kepanjangan dari Komunitas Multimedia AMIKOM,merupakan sebuah komunitas multimedia yang pada awalnya beranggotakan mahasiswa-mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta yang mempunyai hobby di bidang multimedia. KOMA diresmikan oleh lembaga menjadi salah satu UKM (Unit Kerja Mahasiswa) di Universitas AMIKOM Yogyakarta yang berada dalam struktur lembaga mahasiswa Universitas AMIKOM Yokyakarta pada tanggal 27 Mei 2001. Dengan nomor Surat Keputusan Pembantu Direktur III Universitas AMIKOM Yokyakarta : 003/SK/PUDIR.III/AMIKOM/ VI/2001. KOMA mempunyai 4 divisi:Graphic Design,Web Design,Broadcast Movie,Visual Effect Animation.Divisi Graphic Design dipandu oleh Ayu Candra Dewi selaku koordinator divisi Graphic Design.Anggota dapat mempelajari penggunaan software Adobe Photoshop,Adobe Illutrator,Adbe Design,dan Corel Draw.
AMIKOM English Club adalah bagian dari Unit Kegiatan Mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta yang merupakan kumpulan mahasiswa yang berminat meningkatkan kemampuannya dalam berbahasa Inggris. UKM AMIKOM English Club Universitas AMIKOM Yogyakarta didirikan di Yogyakarta pada tanggal 20 Januari 2001.
7. FREE OPEN SOURCE SOFTWARE INTERST LEAGUE (FOSSIL)
FOSSIL (Free Open Source Software Interest league) adalah sebuah organisasi yang mewadahi civitas akademik pengguna GNU/linux yang menekankan pada pembelajran GNU/linux sebagai alat bantu penyelesaian permasalahan yang secara komputerisasi. Keanggotaan FOSSIL sendiri terdiri dari mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta.
8. LEMBAGA PERS MAHASISWA (LPM) JOURNAL
Dalam perjalannya UKM Jurnalistik yang sekarang menjadi LPM Journal dalam menciptakan struktural organisasi mengukuhkan dua divisi pada tanggal 28 Oktober 2006, yakni divisi cetak dan divisi on-line. Harapannya dapat menampung karya anggota demi menjadi insan jurnalis. Format lama yakni jurnalistik.AMIKOM.info menjadi mydjournal.org, dan sekarang menjadi lpmjournal.com. Web ini dikelola oleh bagian Divisi Online di LPM Journal Universitas AMIKOM Yogyakarta. Dengan semangat perubahan dan kemajuan demi menciptakan iklim generasi bangsa yang selalu berkarya kami tetap mengangkat slogan ” JANGAN HANYA BICARA TUNJUKAN DENGAN KARYA”
9. HIMPUNAN MAHASISWA ILMU KOMUNIKASI AMIKOM (HIMIKA)
Himpunan Mahasiswa Ilmu Komunikasi Universitas AMIKOM Yogyakarta
10. HIMPUNAN MAHASISWA ILMU PEMERINTAHAN (HIMIP)
HIMIP adalah satu-satunya organisasi yang berada dibawah prodi ilmu pemerintahan Universitas AMIKOM Yogyakarta
11. KORPS MAHASISWA HUBUNGAN INTERNATIOAL (KOMAHI)
KOMAHI merupakan himpunan mahasiswa jurusan Hubungan Internasional Universitas AMIOKM Yogyakarta yang di bentuk pada tanggal 20 Oktober 2017. Memiliki 6 divisi dalam menampung dan memfasilitasi mahasiswa Hubungan Internasional baik dalam bidang akademis dan non-akademis. Divisi tersebut terdiri dari Divisi Penelitian, Divisi Pengembangan Wacana, Divisi Bahasa & Budaya, Divisi Minat & Bakat, Divisi Pers Mahasiswa, Divisi Jaringan & Kerjasama.
12. HIMPUNAN MAHASISWA D3 INFORMATIKA (HIMADITI)
HIMADITI Universitas AMIKOM Yogyakarta adalah organisasi kemahasiswaan di dalam struktur kelembagaan Universitas AMIKOM Yogyakarta di bawah pembinaan Program Studi D3 Teknik Informatika dan di bawah kordinasi Wakil Rektor III Bidang Kemahasiswaan dan Alumni Universitas AMIKOM Yogyakarta. Berfungsi sebagai penyalur aspirasi, informasi, pemberdaya dan pemersatu mahasiswa Program Studi D3 Teknik Informatika Universitas AMIKOM Yogyakarta.
13. HIMPUNAN MAHASISWA GEOGRAFI AMIKOM (HIMGA)
HIMGA berkedudukan di jurusan geogarafi amikom dan sebagai wadah penampung aspirasi dari mahasiswa geografi amikom.
14. HIMPUNAN MAHASISWA AKUNTANSI AMIKOM (HIMAKSI)
HIMAKSI merupakan salah satu himpunan dari mahasiswa akuntansi di Universitas AMikom Yogyakarta.
15. HIMPUNAN MAHASISWA KEWIRAUSAHAAN AMIKOM (HIMWIRA)
Himwira adalah organisasi mahasiswa yang dibentuk dengan tujuan mendorong mahasiswa prodi kewirausahaan menjadi seorang pengusaha yang sukses. Dengan memberikan berbagai macam kegiatan yang dapat mendukung bisnis mahasiswa, seperti seminar kewirausahaan, kunjungan industri, dan kegiatan kewirausahaan lainnya.
16. HIMPUNAN MAHASISWA ARSITEKTUR (PASTUVENA)
PASTUVENA merupakan salah satu himpunan dari mahasiswa arsitektur di Universitas Amikom Yogyakarta.
17. HIMPUNAN MAHASISWA EKONOMI AMIKOM (HIME)
HIME merupakan salah satu himpunan baru di Amikom Yogyakarta, dibentuk oleh mahasiswa prodi S1 ekonomi pada tahun 2017 lalu.
18. HIMPUNAN MAHASISWA TEKNOLOGI INFORMASI (HIMTI)
HIMTI adalah Himpunan Mahasiswa Prodi Teknologi Informasi yang mulai berdiri sejak tahun 2017.
19 HIMPUNAN MAHASISWA TEKNIK KOMPUTER (HIMTEK)
HIMTEKK Merupakan Sebuah wadah bagi mahasiswa S1 Teknik Komputer untuk menyampaikan aspirasi, kritik, dan saran yang ditunjukan kepada prodi Teknik Komputer maupun kepada lembaga AMIKOM. HIMTEKK juga sebagai wadah untuk berproses bagi semua mahasiswa Teknik Komputer dalam berbagai bidang dari mulai intelektual akedemik maupun non akademik, serta sebagai wadah untuk meningkatkan softskill dan hardskill.
20. HIMPUNAN MAHASISWA PERENCANAAN WILAYAH
Merupakan wadah pengembangan diri bagi mahasiswa PWK Amikom baik dalam hal akademik maupun keterampilan.