Senat Mahasiswa yang selanjutnya disingkat SEMA adalah organisasi mahasiswa tertinggi dalam struktur LM Universitas AMIKOM Yogyakarta yang berperan sebagai lembaga legislatif yang mengoordinasi BEM, HIMA dan UKM. Senat Mahasiswa beranggotakan Senator Kelas yang terdiri dari 2 orang mahasiswa aktif dari masing-masing kelas. Senat Mahasiswa berfungsi menampung aspirasi mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta. Senat Mahasiswa berfungsi sebagai koordinator dari BEM, HIMA dan UKM. Senat Mahasiswa memberikan instruksi pada BEM. Fungsi utama dari SEMA sendiri adalah Controling, Legalitas, dan Budgeting. Yang dimaksud dengan controling adalah SEMA berfungsi untuk mengontrol seluruh kegiatan yang dilaksanakan oleh organisasi mahasiswa yang berada di Universitas AMIKOM Yogyakarta. Sedangkan Legalitas, SEMA bertindak sebagai badan legislatif yang melegalkan seluruh kegiatan organisasi mahasiswa yang akan diadakan oleh organisasi tersebut sebelum disetujui oleh wakil rektor 3 bidang kemahasiswaan dan alumni Universitas AMIKOM Yogyakarta. Yang terakhir adalah Budgeting, SEMA mempunyai fungsi untuk mengatur keuangan dari setiap organisasi mahasiswa yang ada di Universitas AMIKOM Yogyakarta.