Senat Mahasiswa yang selanjutnya disingkat SEMA, adalah Organisasi Mahasiswa yang berperan sebagai lembaga legislatif pada struktur Lembaga Mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta. SEMA beranggotakan senator yang wajib didelegasikan oleh HIMA, UKM dan BSO. Selanjutnya akan diatur dalam nota kesepahaman yang akan di tanda tangani bersama oleh pimpinan HIMA, UKM dan BSO. SEMA berfungsi menyerap aspirasi dari anggota Lembaga Mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta. SEMA berfungsi sebagai pengontrol dari BEM sesuai dengan SOP yang dibuat oleh SEMA dan disepakati oleh Musyawarah Pimpinan Lembaga Mahasiswa. SEMA saling berkoordinasi dengan BEM, HIMA, UKM dan BSO untuk membuat kebijakan. SEMA melegalkan kebijakan dan seluruh Lembaga Mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta sebagai pelaksana kebijakan. Senat Mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta juga menjalankan fungsi organisasi antara lain, Budgeting, Controlling, dan Legaliting.
Badan Eksekutif Mahasiswa Keluarga Mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta yang selanjutnya disingkat BEM KM Universitas AMIKOM Yogyakarta merupakan Organisasi Mahasiswa yang memiliki tanggungjawab eksekutif dalam Lembaga Mahasiswa Universitas AMIKOM Yogyakarta, berkedudukan di bawah instruksi Direktur Kemahasiswaan dan memiliki koordinasi dengan Senat Mahasiswa (SEMA), Himpunan Mahasiswa (HIMA), serta berwenang memberikan instruksi terhadap Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) & Badan Semi Otonom (BSO). BEM KM Universitas AMIKOM Yogyakarta bersifat Independen dan Demokratis dan berfungsi untuk mengkoordinir seluruh kepentingan mahasiswa, social control dalam melihat setiap kebijakan internal dan eksternal kampus, membangun sinergitas dengan seluruh Organisasi Mahasiswa, serta sebagai fasilitator dalam menjaring aspirasi mahasiswa.